본교 교육대학원은 교육법 제108조에 규정된 대학의 이념과 한남대학교의 설립이념을 바탕으로 각 전공분야의 이론과 실제를 심층적으로 연구함으로써 교육발전에 필요한 지식과 안목을 갖추고 창의적으로 연구하는 능력과 태도를 갖춘 교육 전문가를 양성하기 위하여 1988년 11월 6개 전공 60명 정원으로 설치 인가를 받았다.

2015년 2월 현재 교육대학원은 교육행정전공, 상담교육전공, 국어교육전공, 영어교육전공, 역사교육전공, 초등영어교육전공, 수학교육전공, 미술교육전공, 체육교육전공, 전산교육전공, 영양교육전공, 외국어로서의 한국어교육전공 등 12개 전공, 입학정원 105명으로 운영되고 있다.

교육대학원은 개원 이래 1,800여명의 교육학 석사를 배출하였으며, 졸업생들은 대전광역시와 충청남도를 비롯한 전국 각지의 초·중등학교에서 교육 발전을 위하여 노력하고 있다.